PDMS是微控流芯片制备中使用较多的材料，其中涉及到PDMS与PDMS或PDMS与玻璃之间的键合。等离子清洗机可以使PDMS和基片（PDMS或玻璃）之间的键合更加紧密，其优势包括：1.使用等离子体进行清洗可以帮助提高PDMS与生物的相容性，使其更适合用于生物医学设备，如生物芯片、微流控制芯片等。2.可以帮助微流控芯片中的液体均匀分布，提高芯片的效率和稳定性。3.可以提高PDMS表面的导电性能，使其更适合电子设备制造。4.可以有效地去除PDMS表面的有机污染物并活化表面，以便实现更好的键合效果。
无论是PDMS与玻璃的键合还是PDMS与PDMS之间的键合，都是通过氧等离子体处理来实现的。利用氧等离子体以改变其表面性质，由不稳定的化学键形成稳定的Si-O-Si键，使PDMS与基片之间有了稳定的化学键合。随即将处理后的PDMS与基片立即贴合在一起，排出其中的空气，在室温下静置一段时间，使PDMS与基片充分键合。需要注意的是，在进行等离子处理之前，必须确保PDMS和玻璃的表面干净，否则会影响键合效果。同时，处理时间不能过长或过短，要控制在适当的范围内。此外，选择适合的气体以及气体比例的调节也十分重要，过多过少都无法达到最好的键合效果。为了实现良好的键合效果，还可以采用一些预处理措施，例如可以利用热烘来提高键合的质量，在等离子体处理之前用烘箱进行热烘，之后立即进行等离子处理，键合效果会有提升。
方瑞等离子清洗机处理PDMS键合有着丰富的经验，经总结一般导致PDMS键合失败的因素有：
1.芯片或玻璃表面有杂质或污物：这些杂质或污物可能会阻止PDMS芯片与玻璃表面之间的有效化学键合，导致键合失败。
2.放置时间较长：如果等离子处理后没有及时键合，PDMS表面会很快恢复疏水性，就可能造成键合失败。
3.气体选择不当：虽然氧气是主要气体，但是不同的产品有着不同的处理工艺，因此要根据具体情况进行多次实践，来达到最好的处理效果。
4.等离子体的处理时间：PDMS材料材质特殊，时间过长会使表面过于粗糙，粘性过大溶液无法注入，时间过短则导致表面功能化不足。
5.温度和压力控制不当：在PDMS键合过程中，温度和压力的控制至关重要。如果温度或压力没有得到适当的控制，就可能导致键合失败。例如，如果温度过高，可能会导致PDMS材料软化并流淌，从而导致键合失败。
